הפוקימון Mega Rayquaza מתפתח מהפוקימון Rayquaza בעזרת אבן מגה.
Mega Rayquaza הוא התפתחות המגה של Rayquaza. Mega Rayquaza הוא פוקימון השומר על כדור הארץ ועל הדברים המגיעים על כדור הארץ הוא מגן על דברים כמו מטאורים וכל מיני פוקימונים המגיעים מהחלל. Mega Rayquaza הוא פוקימון שאוהב לשמור על פוקימונים אבל הוא שונא בני אדם. Mega Rayquaza נראה כמו Rayquaza רגילה רק שהוסיפו לו כמו 2 ניבים ליד הפנים וחודדו ווהאריכו את האוזניים שלו. ל-Mega Rayquaza מתחברים כמו 4 חותי אנרגיה שממלאים את הכח של Mega Rayquaza כאשר הוא משותת בעולם ויש לו גם סוג של 2 זנבות בצבע צהוב שמתחברות לזנבו המקורי. Mega Rayquaza מופיע בספיישל התפתחות המגה החלק השני כאשר בספיישל 2 אנשים מגלים את אבן המגה הגדולה, Rayquaza שם לב לשינוי בגלי האנרגיה של העולם בגלל האבן ושהוא התקרב אל האבן הוא הפך בעצם ל-Mega Rayquaza. כש-Mega Rayquaza רואה פוקימון במצוקה הוא ישר בא במהירות האור כדי לעזור לו אבל הוא אף פעם לא פוגע בפוקימונים אפילו באלה שפוגעים בו אבל לעומת זאת Rayquaza תוקף את כל מי שפורץ לכדור הארץ כדי להגן על הפוקימונים אבל הוא ממש אבל ממש שונא את כל בני האדם.